Төсвийн ерөнхийлөн захирагчийн Дотоод аудитын албаны үйл ажиллагаа нь хууль тогтоомжийн хэрэгжилтэд хяналт тавих, төсвийн хөрөнгө, өр төлбөр, орлого, зарлага, хөтөлбөр арга хэмжээ, хөрөнгө оруулалтад санхүүгийн хяналт, шалгалт хийх, үнэлэлт, дүгнэлт, зөвлөмж гаргах, эрсдэлийн удирдлагаар хангах чиглэлээр тухайн байгууллагын үнэ цэнийг нэмэгдүүлэхэд оршино.